Pytanie:
Jak mogę poprosić snakemake, aby utworzył dag, gdzie każdy węzeł reprezentuje regułę?
charlesdarwin
2019-04-08 03:35:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Używam snakemake do tworzenia przepływów pracy. Wizualizacja mojego DAG jest bardzo wygodna przy użyciu snakemake --dag target {sampleA, sampleB, sampleC} Plik | dot -Tpdf > dag.pdf . Wynikowy plik PDF pokazuje wszystkie zależności reguł, aby dostać się do plików docelowych. Istnieje jednak jeden węzeł na kombinację reguły / próbki w obrazie PDF. Kiedy mam wiele próbek, tworzy to nieczytelny obraz z niewielką wartością dodaną. Czy istnieje opcja scalenia wszystkich węzłów z tej samej reguły razem, aby mieć przepływ pracy tylko dla jednej próbki?

Jeden odpowiedź:
finswimmer
2019-04-08 09:27:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Myślę, że szukasz --rulegraph zamiast --dag

  --rulegraph Nie wykonuj niczego i drukuj wykres zależności reguł w języku kropkowym. Będzie to mniej zatłoczone niż powyżej DAG ofert pracy, ale także pokaże mniej informacji. Zwróć uwagę, że każda reguła jest wyświetlana raz, dlatego wyświetlany wykres będzie cykliczny, jeśli reguła pojawi się w kilku etapach przepływu pracy. Użyj tego, jeśli powyższa opcja prowadzi do DAG, który jest zbyt duży.  


To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 4.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...